Для пользователя единственный плюс новой версии заключается в том, что она работает пошустрей. Но разница не столь значительна, чтобы однозначно рекомендовать новую версию.
Так же в ней есть новые функции для мододелов, однако есть и вырезанные функции. Проще говоря, если в описании мода не указано, что ему требуется именно новая версия или именно старая версия, то он, скорей всего, не заменит разницы, но могут быть моды, для которых это критично. К примеру, какое-то время у Nuka Ride были проблемы с новой версией, но сейчас это уже исправлено и версия AAF не имеет значения. Поскольку за другими модами я не слежу, то не знаю как там обстоят дела.
Нет, все прекрасно работает на пиратке. По крайней мере на версии 1.10.163.0 полет нормальный.
Проблема может заключаться в другом. Между авторами AAF и авторами NAF произошел конфликт. Вроде как авторы NAF использовали фрагменты кода AAF или что-то в этом роде. Из-за чего авторы AAF повели себя очень не красиво по отношению к пользователям и добавили в AAF код, который ломает игру, если видит установленный NAF или его следы(после удаления NAF некоторые его папки остаются в игре).