У меня была такая проблема при подключенном моде FollowerLimitIncreased.Решил разогнав всех компаньонов, сохранившись, отключив мод и продолжив с последнего сохранения.
Сначала решил еще одним способом, но он пожалуй на крайний случай:
Убить компаньона через консоль (kill, можно и disable потом), предварительно записать его ID. После получаем наследство, и, для восстановления вселенского баланса, через консоль же, воскрешаем убиенного (enable <ID> или resurrect 1).