Столкнулся с проблемой, что при первом запуске SKSE после настройки модов появлялось небольшое окошко игры (даже прогружался задник с драконом), но через пару секунд оно сворачивалось вместе с самим процессом. Отключение всех дополнений выявило их непричастность и, спустя часы копания, методом тыка было найдено решение, надеюсь в будущем оно кому-то поможет:
При установке Mod Organizer должен определить точное местоположение исполнительных файлов игры, но если открыть настройку путей - пункты Skyrim, Launcher и SKSE могут отображаться серым цветом. Не знаю как там что работает, но если очистить поле "Start in" и нажать модифай - всё приходит в норму и игра открывается уже в пользовательском разрешении.
Возможно, это результат установки в неправильном порядке.