Champollion не работает с отдельными файлами, ему целые папки подавай. Создай в том месте, где у тебя Champollion, еще 2 папки IN и OUT, в IN скопируй все скрипты и запусти программу:
Champollion.exe IN -p OUT
Лучше сделать батник, вдруг еще когда-нибудь понадобится.
PS Ну и чтобы, как говорится, 2 раза не вставать... Недавно узнал об одной фишке для СК:
при работе с ним, чтобы не было крякозябров в именах, приходится каждый раз подключать перекодированные файлы string. Можно упаковать эти файлы в архив BSA, обозвать его, скажем в "Skyrim - ConstructionKit.bsa", закинуть его в Data и прописать в CreationKit.ini. Сама игра без esp/esm будет этот архив игнорировать, а вот СК успешно загружать.